آیت الله خمینی دکتر محمد مصدق را مرتد خواند و به دوره مشارکت نسبی جناح های موسوم به ملی و مذهبی در حکومت پس از انقلاب پایان داد. با افزایش مخالفت گروه های مختلف مردم با محمدرضا شاه پهلوی و حکومت سلطنتی در سال 1357 به تدریج در ایران به عنوان رهبر انقلاب و از زمان بازگشت از تبعید 17 ساله در خارج از کشور در 12 بهمن 1357به طور رسمی به عنوان رهبر انقلاب در سطح بین المللی شناخته شد.

پیش از این و به طور عمده از دهه پنجاه، مقلدین و پیروان آیت الله خمینی از او به عنوان امام خمینی نام بردند که با اوج گیری انقلاب به لقب مرسوم او تبدیل شد.

آیت الله خمینی در دهه 50 خورشیدی و در زمان تبعید در شهر نجف در عراق طی چند سخنرانی اندیشه حکومت اسلامی و حکومت ولایت فقیه را مطرح کرد.

این سخنرانی ها پس از مدتی در کتابی به نام "حکومت اسلامی" منتشر شد. این کتاب بنا بر نظر رسمی در جمهوری اسلامی و بنا بر نظر برخی از ناظران، زیربنای فکری آنچه بعدا انقلاب اسلامی نامیده شد و اساس نظری جمهوری اسلامی دانسته می شود.

کتاب وهمچنین سخنرانی های او در دهه پنجاه به طور مخفیانه از عراق به ایران می رسید و توسط شبکه ای از روحانیون پیرو او به صورت اعلامیه های پنهانی و نوارهای صوتی در سطح کشور پخش می شد.

از سال 1356 و در پی مجموعه ای از اعتراضات که توسط روحانیون هوادار او در قالب برگزاری مراسم چهلم در مساجد در شهر های بزرگ ایران برگزار می شد به تدریج آیت الله خمینی به مهم ترین چهره مخالف حکومت شاه در ایران مبدل شد.

آیت الله خمینی در میان هوادارانش بسیار محبوب بود و صاحب نظران به صراحت از نوعی کاریزمای معنوی سخن می گفتند که به او موقعیتی ویژه داده بود؛ چنانکه میشل فوکو فیلسوف منتقد فرانسوی او را به عنوان رهبر "انقلاب به نام خدا" توصیف کرد.

روحیه زاهدانه او که نتیجه سال ها تدریس عرفان و اخلاق و پرهیز مرسوم در میان روحانیون فرهیخته سنتی بود به اعتبار او در میان طرفداران انقلاب می افزود.

پذیرش پایان جنگ از سوی آیت الله خمینی از سوی او با تعبیر "نوشیدن جام زهر" یاد شد.

رفتار سیاسی او با قاطعیت و صراحت شناخته و توصیف می شد. برخی ناظران رسیدن او به موقعیت رهبری انقلاب را نتیجه موقع شناسی و سرعت عمل سیاسی او در شرایط بحرانی می دانند که برای او چهره یک رهبری قدرتمند را فراهم کرده بود؛ هرچند گروهی هم خشونت و بی اعتنایی عاطفی او را مورد انتقاد قرار می دادند.

پس از پیروزی انقلاب آیت الله خمینی در 24 بهمن 1357 دستور تشکیل دادگاه ها انقلاب را صادر کرد که با حکم آن گروهی از مقامات وابسته به حکومت پهلوی به سرعت اعدام شدند.

در فروردین ماه 1358 به هنگام برگزاری رفراندوم عمومی برای تعیین نوع حکومت در ایران آیت الله خمینی دو گزینه عمده مطرح دیگر یعنی جمهوری دموکراتیک و جمهوری دموکراتیک اسلامی را رد کرد و تنها جمهوری اسلامی را به شکل پاسخ آری یا نه به رای عمومی نهاد.

آیت الله خمینی با تکیه بر نفوذی که در میان مقلدان و پیروان خود و به ویژه نوجوانان و جوانان ایرانی داشت، در فاصله سال های 1358 تا 1360 ازحذف بیشتر مخالفان جمهوری اسلامی که بخشی از آنان از مخالفان حکومت شاه بودند در فرایند منازعات سیاسی در ایران حمایت کرد.

آیت الله خمینی در همین دوران چنانکه آیت الله صادق خلخالی گفت از اقدامات دادگاه های انقلاب در صدور احکام سنگین و از جمله اعدام گروه هایی از مخالفان که محارب با خدا و مفسد فی الارض نامیده می شدند، پشتیبانی کرد.

اوهمچنین با حمایت از گروگان گیری دیپلمات های آمریکایی شاغل در سفارت آمریکا توسط دانشجویان موسوم به پیروان خط امام در سال 1359 از اقدام آمریکا در قطع روابط دیپلماتیک با ایران استقبال کرد.

در آن زمان او دکتر محمد مصدق را مرتد خواند و به دوره مشارکت نسبی جناح های موسوم به ملی و مذهبی در حکومت پس از انقلاب پایان داد.

این مواضع آیت الله خمینی به استعفای مهندس مهدی بازرگان انجامید که نخستین نخست وزیر پس از انقلاب بود و وظیفه انتقال حکومت به جمهوری اسلامی در قالب دولت موقت را بر عهده داشت.

در فاصله سال های 1360 تا 1368 آیت الله خمینی به طور رسمی فرماندهی نیروهای ایرانی در جنگ با عراق را بر عهده گرفت و اندیشه صدور انقلاب و تصرف بیت المقدس و نابودی اسراییل را در شمار اهداف رسمی جنگ قرار داد اما با ناکام ماندن نفوذ نیروهای ایرانی به خاک عراق و پذیرش قطعنامه آتش بس مصوب شورای امنیت سازمان ملل متحد (قطعنامه 598 ) توقف جنگ را پذیرفت.

پذیرش پایان جنگ از سوی آیت الله خمینی از سوی او با تعبیر "نوشیدن جام زهر" یاد شد.

به گمان برخی از ناظران شدت گرفتن بیماری آیت الله خمینی که از سرطان معده رنج می برد در اقدام او در پذیرش آتش بس موثر بود . این بیماری در14 خرداد ماه 1368 به مرگ او منجر شد.

آیت الله خمینی از دهه 1330 به دلیل دیدگاه های فلسفی و کلامی اش که در چارچوب باورهای ملاصدرا و مشرب های عرفانی بود و تدریس فلسفه که در آن زمان از سوی روحانیون مرسوم نبود و به دلیل سازش ناپذیری اش در برابر حکومت سلطنتی در حوزه علمیه با نوعی انزوا روبه رو بود.

در اواخر دهه سی، گروهی از طلاب طرفدار آیت الله خمینی از او در برابر آیت الله بروجردی که مرجع مورد پذبرش بیشتر شیعیان بود حمایت می کردند و با مرگ آیت الله بروجردی در سال1339 از مرجعیت او حمایت کردند، اما پذیرش مرجعیت آیت الله خمینی عملا پس از مرگ آیت الله حکیم در سال 1344 ممکن شد.

مخالفت آیت الله خمینی با انتخابات ایالتی و ولایتی که نوعی انتخابات محلی محسوب می شد و دادن حق رای به زنان از سوی شاه در سال 1342 به شورش گروهی از طرفداران او و درگیری آنها با نیروهای پلیس انجامید که بعدا از سوی نیروهای مذهبی قیام 15 خرداد نام گرفت و از سوی طرفداران آیت الله خمینی به عنوان سرآغاز جنبش او توصیف شد.

آیت الله خمینی در سال 1343 در پی مخالفت با لایحه دولت وقت که برخی مصونیت های قضایی در اختیار آمریکایی ها قرار می داد و با نام حق کاپیتولاسیون نامیده می شد و حمله مستقیم به شخص شاه دستگیر و با وساطت گروهی از مراجع تقلید آزاد شد، اما پس از آن به ترکیه و سپس شهر نجف در عراق تبعید شد.

او تا زمان ترک نجف از طریق کویت و با کمک دولت فرانسه به مقصد پاریس درمهر ماه 1357 در عراق زندگی کرد.

آبت الله خمینی در خمین به دنیا آمد و پدرش در 5 سالگی در نزدیکی اراک کشته شد و دوره نوجوانی خود را در زمانه پرتلاطم جنگ جهانی اول پشت سر گذاشت.